L'histoire de Final Fantasy Fables: Chocobo Tales se déroule sur une île pourvue de quatre cristaux: Terre, Eau, Feu et Lumière. Cette île est habitée par deux mages: Shirma, mage blanc et Croma, mage noir. A leurs côtés, des dizaines de chocobo vivent en liberté jusqu'au jour où Croma trouva un vieux grimoire qui emprisonna ces bêtes innocentes. En cause? Un sorcier maléfique coincé dans le livre et qui n'a pour but que de retrouver sa liberté.